2016年，在穆里尼奥的要求下，曼联花了1.05亿欧从尤文签下了博格巴，这创造了当时的转会费纪录。不过，博格巴对穆帅并没有太多的感恩。在最新的采访中，博格巴对穆帅进行了颇有争议的点评。

穆里尼奥在2016年夏天成为曼联主帅。那个夏窗，曼联随即签下博格巴。穆帅希望博格巴能够在曼联成为中场指挥官，就像他在尤文干的那样。遗憾的是，重返曼联的博格巴总是传出负面新闻，且与穆帅闹出矛盾。

回曼联的前2个赛季，博格巴分别打进9球、6球，状态一般。而在2018-19赛季后半程，博格巴却迎来大爆发。那个赛季，曼联发生了一件大事：穆里尼奥在2018年12月下课了。穆帅下课前后，博格巴的状态有着天壤之别。

穆帅下课后，博格巴立刻爆发。当赛季，博格巴一共打进16球，曼联生涯最高。多家媒体认为博格巴是穆帅下课背后的“造反之人”--如果博格巴没有消极怠工，穆帅根本不会下课。

时隔多年，博格巴再谈他与穆帅的那段往事。法国人直言他和穆帅之间矛盾很多：“刚回到曼联的时候，我的感觉很好。我和穆里尼奥一开始的关系就像男女朋友。他是我重返曼联的一个主要原因。但是，事情后来越来越糟，不知道为什么。”

“我和主教练之间经常会有意见不统一的时候。不过，我对他非常尊重。如果再次遇到他，我会给他一个大大的拥抱。”

博格巴承认他在穆帅的离开迎来了大爆发。“那个赛季，我一直心不在焉。穆里尼奥离开、索尔斯克亚到来的那个赛季，是我在曼联的最好赛季。而在那个赛季结束后，我跟球队说我想离开，但遭到了拒绝。”